Dvarą prie Babtyno kaimo dar XVI a. įkūrė Šiukštų giminė. Pirmieji pastatai čia buvo mediniai. Vėliau dvaras priklausė Andriui Vilimavičiui ir Jokūbui Sauginavičiui. XVIII a., valdant Prozorams, mūru perstatytas Babtynas tapo reprezentaciniu dvaru. Antrasis pasaulinis karas nutraukė dvaro klestėjimą. Sovietų okupacijos metais čia buvo kolūkio apylinkės kontora, daugiabutis namas. Nuo 1999 m. prasidėjo naujas dvaro gyvenimo etapas: likusius pastatus įsigijo Mindaugas Šventoraitis ir po truputį dvarą sutvarkė, pritaikė gyvenimui ir kultūrinei veiklai.